实习驾照扣了三分有问题吗？

没有问题，C1实习期驾驶证扣1到11分都不会延长时期，扣12分直接注销。

根据 《机动车驾驶证申领和使用规定》123号令进一步完善了驾驶证实习期管理制度中，会延长实习期是针对A、B类驾驶证。A、B类驾驶证在实习期内违法记6分以上的，实习期限延长一年；在延长的实习期内再次记6分以上但未达到12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。

所以C1实习期驾驶证正常扣分（不超12分），不会被延长实习期。但具体还是以当地的规定为准。